1、 處理工藝不合理

　　為方便管理很多農村生活污水處理工程，選用無動力的“厭氧+人工濕地”處理工藝。該工藝雖然具有運行維護管理方便，投資及運行費用低等特點，但是受季節變化影響較大，氣溫降低會影響人工濕地正常運行。

　　低溫對有機物和氨氮、總磷的去除影響比較明顯，特別是對氨氮、總磷的去除，因此該工藝不適用海拔比較高、冬季溫度較低的區域。

2、 設計規模與實際污水量不匹配

　　“一體化設施”也是農村生活污水處理工程常用的處理工藝，該工藝具有占地面積小、運輸安裝方便、自動化程度高、能耗低、運行和管理人員少、費用低、處理效果好并且穩定等特點。

　　但“一體化設施”處理能力一般較小，抗沖擊能力較差，農村居民集中區修建的“一體化設施”設計處理能力一般都小于100t/d，瞬時處理能力不足。如果采用“一體化設施”處理工藝的污水處理工程沒有單獨建設污水調節池，在排水高峰期無法滿足瞬時污水處理要求，從而導致部分服務范圍內的生活污水直接進入外環境，污染地表水體。

3、 少數運行維護人員素質較差，無法滿足日常運行維護要求

　　農村生活污水處理工程處理能力普遍較小，運行費用有限，為節約運行成本，各運行單位主要就近聘請附近農民對污水處理設施進行運行維護管理。聘請人員素質參差不齊，少數聘請人員責任心不強。雖然運行單位在上崗前會對所有聘請人員進行系統崗前培訓，日常工作中也會進行崗位指導，但少數運行維護人員由于技術水平較低，只知道定時定量加藥，開進水、出水泵，不知道根據進水水量、水質特征調整處理單元處理時間，造成用水高峰期外排水質不能穩定達標，用水低峰期藥品能源浪費。儀器設備是否運行正常也無法進行有效判斷和維護，無法滿足污水處理工程日常運行維護需要。

4、 配套管網建設不完善

　　農村村莊缺乏規劃，污水分布較分散，涉及范圍廣、隨機性強，同時經濟力量較為薄弱，管網建設全部依靠政府財政資金投入，而管網建設資金在整個污水治理工程中一般要占到70%以上，并且在建設過程中存在重視污水處理工程的建設，而輕視管線、管網的建設現象。此現象造成大部分農村生活污水處理工程配套管網建出現不同程度的延遲，污水接入率低，管網質量差，漏損嚴重，導致農村生活污水處理工程不能很好地發揮應有的作用。

5、運行經費不足

　　不少農村在政府主導下投資興建了污水處理工程，但在后續的運行管理過程中，由于財政投入不足，導致污水處理工程缺乏必要的運行維護人員，甚至無運行維護人員進行管理，污水處理工程從建設起就處于荒廢狀態。